項目活動的監測是項目參與方按照項目設計文件所詳細描述的監測計劃，在項目活動的執行過程中，對有關溫室氣體減排的所有資料、參數等進行有目的、定期、可復查的記錄、收集和歸檔。按UNFCCC的定義，監測是『為決定基準線、測量某CDM項目邊界內的溫室氣體人類性排放和可適用的泄露，對全部的有關資料進行收集和存檔』。因此，注冊項目之前監測計劃需要得到CDM執行理事會的批準。如同基準線方法學，監測方法也存在正常的『已批準監測方法學』和適用于小規模項目活動的『簡化監測方法學』。CDM的模式和程序允許項目參與方對監測計劃進行不時的修改，但有關修改需要由DOE審定，并且有關監測計劃的修改應在簽發CERs之前由項目參與方完成及DOE審定。

       核查是由『指定經營實體』按正式的程序對所監測的溫室氣體減排進行定期和獨立的檢查和事后的確認。核證則是『指定經營實體』出具書面文件，保證特定項目活動實現了所核查的溫室氣體減排量。核查的要點包括：檢查監測報告是否滿足了已注冊批準的項目設計文件中的條件要求；檢查監測方法學是否得到了準確的運用；如需要的話，執行現場檢查或要求項目開發者提供更多的信息資料；給項目開發者推薦計入期內任何可能的監測修改及調整；最后決定CDM項目活動所產生的溫室氣體實際減排量。

       項目參與方需從DOE名單中選擇一家機構來進行項目的核查和核證，并給相關DOE提交監測報告。UNFCCC的官方文件中沒有要求監測結果的更新頻率，但當前大多數項目開發者和參與方的通常做法，是每一年或者每半年完成一次監測報告，交由DOE進行核查。然后，DOE把監測報告制作成PDF格式并直接公布在UNFCCC的CDM網站上，標明監測時段的起始日期。接著，DOE正式執行核查并出具核查報告。在核查報告的基礎上，出具書面的溫室氣體減排的核證文件。最后，DOE會完成一份核查報告和一份核證報告并對外公開。核證報告中需聲明所核查的溫室氣體實際減排量。

       一旦完成核查與核證程序，項目參與方就可以開始推動CERs的簽發。首先，DOE應使用『遞交檢查與核證報告及提請簽發的CDM表格』,連同完成的核查、核證報告，通過UNFCCC的CDM網站上的特定電子提交工具，發送給執行理事會秘書處。

       秘書處正式受理后15天內，除非項目活動涉及方或至少3個執行理事會委員提出審查，執行理事會將指示CDM注冊官簽發特定時段具體數量的CERs，同時會告知項目參與方，并對外公布于UNFCCC的CDM網站上。

       如果執行理事會拒絕簽發CERs的理由可通過修改核查核證報告等手段來解決，那么DOE還可以修改監測報告，并提請對同一時間內的CERs作第二次簽發，執行理事會則會在下次會議中個案決定。如再次被拒，則沒有可能第三次提請簽發CERs。

       按照CDM項目模式和程序的規定，每次簽發CERs時作為CDM管理費用的『收益分配』應當完成，CERs的簽發才算生效。當然，項目注冊時已經繳納的『預付』注冊費應當從中扣除。另外，所有CERs的2%部分將自動扣除劃撥到一個特殊賬戶，即所謂的『適應收益分配』賬戶，為支持那些特別容易受到氣候變化危害的發展中國家提供資金。在最不發達國家境內開發和執行的CDM項目活動，可以免除繳納此項費用。