在CDM項目審定和注冊以前，項目參與者必須得到所在國DNA的書面批準。通常，這些國家是指附件一和非附件一國家。但是，一個CDM項目可以在沒有附件一發達國家批準的情況下，繼續進行CDM項目的注冊，這種項目類型被稱為『單邊CDM項目』。有附件一和非附件一國家共同參與的，稱『雙邊CDM項目』。但這不意味著單邊項目就完全被赦免提交一份附件一國家DNA的批準文件。當一個單邊項目的開發者后來找到了附件一國家的CERs購買者，并請求CDM執行理事會把該項目簽發的CFRs劃撥給買方，CDM執行理事會仍然會要求得到附件一國家的DNA批準文件。

       獲得了各國DNA的批準后，項目參與方應該從『指定經營實體』DOEs名單中挑選一家并簽訂服務合同。『指定經營實體』是CDM執行理事會委派和指定的第三方機構，具有審定、核查、核證CDM項目的資格和權力。『指定經營實體』在簽署服務合同時，一般要仔細審閱項目設計文件和其他資料，以確認項目是否滿足了CDM的有關要求，并建立和公布一個網址，使得項目設計文件PDD可連接到UNFCCC的CDM網站，或者直接在UNF CCC的CDM網站上公布項目設計文件。PDD網上公布的30天內，對收到的各利益相關方、有授權的非政府機構等的各種評價，應及時地予以承認和公示所有評價的內容、解釋、說明及評論者的聯系方式等。如果審定階段中，項目參與方希望改變所用的已批準方法學，或改變所適用方法學的版本，『指定經營實體』必須把有關內容公布于網站上30天。

       項目的注冊是『指定經營機構』在完成審定CDM項目的合格性之后，使用『CDM項目活動注冊和審定報表』、項目設計文件、東道國書面批復和有關評價問題的解釋等資料，準備好審定報告。然后使用UNFCCC秘書處提供的基于互聯網的電子文件提交工具，向秘書處傳遞項目注冊的申請。提交了所有文件信息后，『指定經營實體』會自動收到一個唯一的編號，可用來確認注冊費的轉賬情況和查詢注冊審批的進展。秘書處將決定DOE提交的有關項目注冊的所有文件和信息是否齊全。在注冊費先行繳納和秘書處發出關于申請注冊文件齊全的確認之后，『項目注冊的申請』就算是正式開始并在UNFCCC的CDM網站上公示至少8個星期。

       在注冊環節中，項目參與方需繳納注冊費。注冊費是作為CDM行政管理費用收益分配的一部分應繳款來收取的，具體金額則按照項目活動計入期內預計每年的減排量來計算的。每年15000噸二氧化碳當量內的CERs需交納0.10美元/CER；超出15,000噸以上的部分按0.20美元/CER收取。無論多大的項目，注冊費的總額均不超過350,000美元。每年預計減排量低于15,000噸二氧化碳當量的項目活動不需要交納注冊費。