比較拍賣與免費分配的利弊，除了效率、公平性和競爭力等方面，還需考慮配額分配的交易成本,包括政府和企業的成本。

       按20每噸歐元計算，第一階段“國家分配計劃”每年要配置價值500億歐元的二氧化碳排放權。政府必須拿出從工業部門到每個參與企業的分配方案。由于企業要求利益最大化，政府必然會陷人與各個企業大量的協商工作中。這期間會消耗政府、企業乃至咨詢和研究部門大量精力和時間，從而直接或間接地產生龐大的支出。

       拍賣初始配額，讓企業可以多次參與，靈活處理，同時也減少了企業向政府有關部門的游說，在一定程度上杜絕“尋租”行為，避免腐敗問題的產生。同時，拍賣還會起到穩定排放權交易市場價格的作用。不過，拍賣也會使政府的管理難度增加，比較一次性的分配,拍賣的次數會更多，管理成本也會更高。因此，單從交易成本很難判斷兩種方式的優劣。雖然從ETS制度引人方面來考慮，無償分配可能會更容易被接受，但同時也會給企業增添許多額外的“麻煩”。