CDMOI項目規模與難度的加大。目前在全球CDM/JI項目市場上，CERs買方傾向于低成本、低風險、可產生大量CERs的HFC23和N20分解項目，這類項目只需在現有設備基礎上進行較小的技術改進，就可以實現大量的溫室氣體
減排.而且投資回收期短，盈利大。然而，急待開發的可再生能源和能效提高項目，因為屬于資金密集型項目，前期需要大量的投資，減排成本較高、風險較大、投資回收期長，產生的CERs較少，碳基金不愿涉足。
CDM項目復雜嚴格的審查程序。碳基金投資CDM項目，一般要經歷七個基本步驟：項目設計和描述；國家批準；審查登記；項目融資；監測；核實
認證和簽發CERs。每個階段都有對應的風險。比如CDM項目審批程序復雜，必須要發展中國家的相關部門審批和聯合國注冊，經過多個機構審批，一個項目從申請到批準最順利也需要3-6個月時間，復雜的審批程序可能會給最后的結果帶來不確定性；此外不論是否注冊成功，前期的設計、包裝等費用至少需要投入10萬美元。此外，CDM/JI項目的
方法學與程序的難度和復雜性也增加了交易成本。因為項目的規則涉及到復雜的方法學。而且目前的方法學還有待于進一步完善。所以，復雜的程序和諸多不確定性，提高了碳基金的投資風險和成本。
