為對碳市場進行風險管理，大部分碳市場都設有市場穩定機制，一般通過控制配額的市場流通量和配額的市場價格兩種方式進行。歐盟碳市場在2019年建立了市場穩定儲備（Market Stability Reserve, MSR），以解決配額市場上可能出現的供需不平衡問題。當市場流通配額數量高于或低于特定限值時，一定數量的配額將被回收至MSR或反向發放至市場。

美國的碳市場也設有類似的配額儲備機制，同時還使用價格區間來縮小碳價波動的空間。美國加利福尼亞州的碳市場設定了碳價的上限和下限，以避免碳價過低導致的市場低迷，或者碳價過高對生產活動造成過高的成本。

根據生態環境部印發的《碳排放權交易管理規則（試行）》，生態環境部可以根據維護全國碳排放權交易市場健康發展的需要，建立市場調節保護機制。

當交易價格出現異常波動觸發調節保護機制時，生態環境部可以采取公開市場操作、調節國家核證自愿減排量使用方式等措施，進行必要的市場調節。目前，具體的風險管理觸發條件和市場穩定手段還尚未明確。