在以碳排放交易機制為主導的市場經濟運行中，應該發展一種更加有針對性的輔助措施進行完善，克服存有的尋租問題，利用稅收的經濟調控手段抑制非理性的能源消費，能夠發揮其執行程序簡單，成本測算明確調控力度靈活以及績效明顯的優勢，并能在運行的過程中克服與現有稅收矛盾，與碳排放交易制度沖突，稅收征管組織架構的調整，國際貿易規則的協調。與此相對應的建議對策有：在碳稅和交易制度之間進行有效的協調，調整現有的環境稅收的稅率。與碳排放交易制度銜接制度是達標企業享受碳稅減免，構建碳稅征收動態管理的平衡體系和綜合數據庫系統，并設計與國際貿易規則相契合的碳關稅制度。

碳稅需要解決的是開征的時期以及強度問題。從制度的構建上，包括了碳稅設立的法律保障機制、運行的法律保障機制、效果的法律保障機制以及碳關稅法律制度。對于設立的問題，是需要實現碳稅法律的自洽性問題，是一種帶有主觀性的自我協商、自我控制以及自我允許和自我認同，是概念和觀點、假設結論之間的內在一致性，代表一種從一般到特殊領域研究。運行側重于命令控制、市場調節和企業自我調節相結合，需要明確碳稅的制度優勢在于減排成本的確定，劣勢在于環境效益的產生應該如何衡量。效果的保障機制，顧名思義表示為保證實施碳稅法律制度實現的社會社會實效，在具體的措施應對上，實行碳稅的國家都會采取相應的激勵措施，通過稅收優惠、返還以及抵免等等方式實現最終節能減排的目的。

在具體的制度構建上，需要與其他的稅種保持一致。首先，要實現與排污費的整合，學者認為應該將空氣污染費改為空氣污染稅，歸入碳稅中。但問題在于，類似水體、重金屬污染費是應該遵循改革的一般進程還是堅持費用的收取，從作者的態度中應該是后者，這樣的不利方面在于在適用上是混亂的，具體操作繁雜容易產生權力推諉。其次，代替燃油稅的使用，因為燃油稅使用的范圍很狹窄碳稅在全工程的管理發生重合。再次，與其他稅種的協調，例如例如流轉稅協調，可以將碳稅作為附加稅附加于化石能源相關的增值稅中，將消費稅中對成品油的稅收調低，將其作為成品油的附加稅開征，既與資源稅協調的路徑在于將規制的重點進行傾斜，碳稅的重點聚焦于消費環節。另外，與車船稅的協調可以體現在征收機動車稅，調節社會財富分配和公共資源的使用空間為目的。是對低碳消費的一種強調，緩解碳排放交易中的企業尋租的現象。

開征碳稅涉及到碳排放量檢測計量、宏觀政策制定與調整，碳稅與碳排放交易的動態協調，碳稅征繳和處置等多項工作處理，需要不斷的經歷實踐的檢驗，不斷的根據現實的需要進行調整和創新。