在碳
市場建設的
政策設計中，一個核心環節是配額分配。
事實上，在中國的
碳市場模式中，最關鍵的
問題不是過度發放的免費配額，而是配額的分配方式。
與世界各地的
碳排放交易機制橫向比較可以發現，在碳市場建設初期，碳
減排配額大多以免費發放為主，但確定企業免費配額的基礎有所不同。
同濟大學環境科學與工程學院廖振良指出，碳排放交易機制的一個重要特點，就是通過設定上限來控制溫室氣體排放的總量。如果設定的總量限額大于排放設施在原有生產情況下的排放總量，就會導致碳市場供大于求，無法達到碳排放交易機制預期的減排目標。
一般而言，一個碳排放交易機制應該設定較為明確的絕對排放量上限，以達到較好的排放控制效果。但是，在中國，一方面關于碳排放的數據基礎較差，而排放總量的設定需要依賴全面的碳排放量基礎信息，并通過嚴密的科學測算來確定；另一方面中國還處在經濟快速發展時期，未來一段時間內碳排放量還會持續增長，并且存在較大的不確定性。
因此，廖振良表示，大部分國內試點地區在碳排放交易制度設計的時候，都有意或無意地回避了排放總量上限這一關鍵性問題。在公布的相關政策文件中，各試點地區并未對總量控制目標做出明確設定。唯一的錨點只有國家“十二五”規劃中對各省區市碳排放強度下降的目標限定。
由于缺乏“總量控制”這一硬約束，試點地區在配額分配時就具有較大的空間。
具體而言，中國的配額分配模式，由預分配和事后調整兩個步驟組成。政府在履約期開始時先以企業上一年產量為基準，給企業發放一定比例的預配額，在履約期結束后，政府會根據企業當年的實際產量二次發放配額，多退少補，以完成上一周期的配額發放工作。
而在歐盟、美國等世界其他國家或地區的碳排放交易機制中，只在履約期初發放一次配額，且有明確的絕對總量上限。
兩種模式的核心差異在于，是否在履約期結束后，根據產量調整配額。
事實上，在中國的7個試點地區，并非全部采取“事后調整”模式，根據不同行業的特性，各有不同。比如多數地區的
電力行業是“事后調整”，部分制造業則有絕對的“總量上限”。
兩種模式下的碳市場運行路徑有很大差異。朱俊明告訴《中國新聞周刊》，如果可以依據最終產量來多拿配額，就類似于補貼政策，企業的減排成本就會降低，但最終會使效率受損。
他們的研究發現，有絕對總量上限的模式可以激勵創新，而“事后調整”模式則對創新缺乏影響。
朱俊明指出，兩種模式都有其各自的利弊。“事后調整”模式是希望在推行政策的同時減少企業的負擔，讓其逐漸適應。另一種模式則希望用一個政策解決一個問題，先用總量控制來解決碳排放問題，再用其他經濟政策解決企業發展的困境。這背后，是兩種政策設計理念的碰撞。
薛瀾對《中國新聞周刊》表示，從公共政策制定的角度而言，中國和其他國家最大的一個差別，是中國各地的經濟情形和發展階段都差異巨大。
“因此，中央在制定很多政策時，必須要給地方留足空間，但如果政策表述上太過原則，執行起來就很困難。”他說，“這是由中國特殊的國情所決定的，是一個兩難。”
